청관재(淸觀齋)

Step 7.1 노트북을 실행한 뒤, 다시 Step 7_Solvate 노트북으로 돌아간다. 이 노트북의 목적은 hexagon_coat_solv.gro 를 읽어서 "어떤 분자가 어떤 순서로 몇 개 있는지"를 GROMACS 용 .top 파일로 적는 것이다. 이를 위해 구조 파일 - MDAnalysis 을 읽는 과정과 분자 정의(.itp) - vermouth 를 읽는 과정이 필요하다. # 라이브러리 불러오기import MDAnalysis as mdaimport numpy as npimport refrom vermouth.forcefield import ForceFieldfrom vermouth.gmx.itp_read import read_itpimport networkx as nxMDAnalysis 는 분자..

너무 힘들어 ㅠㅠ......그래도 해야지..... 강한 여성은 해낼 것이다....! ## 이전 글 ##2026.10.30 - [무한도전!!/MD 시뮬레이션 돌리자!!] - [LNP] Step3_hexagon_channels [LNP] Step3_hexagon_channels이제 드디어 Step3에 도달했다.... 또 열심히 달려보자... Step3는 Step2에서 만든 채널 구조(m.gro)를 복제한 뒤, 그 안에서 육각형 배열을 이루는 채널 묶음만 골라내는 단계를 진행한다.이는 크게 세www.cheonggwan.com 이 노트북은 Step3에서 잘라낸 Hexagon.pdb를 읽어서 GROMACS 토폴로지 파일 hexagon.top을 만든다.아래 import 6개는 각각 이 과정의 한 부분씩을 담..