청관재(淸觀齋)

이제 드디어 Step3에 도달했다.... 또 열심히 달려보자... Step3는 Step2에서 만든 채널 구조(m.gro)를 복제한 뒤, 그 안에서 육각형 배열을 이루는 채널 묶음만 골라내는 단계를 진행한다.이는 크게 세 부분으로 나눌 수 있다. 1. 채널 복제gmx gencof -nbox 4 4 1 로 m.gro 를 x,y 방향으로 4X4 복제해서 4x4x1_channels.pdb를 만든다.물 / 이온 / RNA 비드(W WF ION NA CL BB* SC*) 중에서 지질 꼬리 비드 (CA1 CB1 C3A C3B D3A D3B) 8 Å 이내에 있는 것은 빼고 선택한다. 이렇게 하면 채널 안쪽의 순수한 용매 영역만 남는다.mdvcontainment 으로 포함관계를 분석해서 채널이 64개로 제대로 분리되는..

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④2026.09.29 - [무한도전!!/MD 시뮬레이션 돌리자!!] - [LNP] Step0. Inverse_Hexagonal_core 실행 준비하기 [LNP] Inverse-Hexagonal: Step0_실행 준비하기정부 과제 참여로 LNP MD 돌려야 하는데 일단 이 논문을 참고해서 예제를 돌려보려고 한다.공개된 Github에서 파일들을 다운받아서 이 논문에서 수행한 예제들을 직접 따라해 볼 수 있다. https://doi.owww.cheonggwan.com 이제 이어서 Step1 부터 공부해보자.나는 비전공자라서 코드부터 이해해야 한다. CodeBlock #1 - 라이브러리 불러오기import numpy as npimport osimport subprocess import MDAnalysis a..

Packmol은 분자 동역학(Molecular Dynamics) 시뮬레이션을 시작하기 전, 다양한 분자들을 지정된 3차원 공간(상자, 구체, 실린더 등)에 겹치지 않게 배치하여 초기 구조 파일을 만들어주는 무료 소프트웨어 패키지이다. 단백질 주변을 물로 채우거나(Solvation), 여러 종류의 용질과 용매가 섞인 혼합물 및 수용액을 쉽게 생성하고, 구형 Micelle, 지질 이중층(Lipid bilayer) 같은 정돈된 형태의 분자 배열도 구현할 수 있다. 나는 LNP (Inverse Hexagonal) 구조를 MD로 돌려보는 과정에서 packmol 사용법에 관한 공부가 필요해서 찾아보게 되었다. https://www.youtube.com/watch?v=VfYsCpkvLLA 위 영상을 보고 Packm..