청관재(淸觀齋)

Packmol은 분자 동역학(Molecular Dynamics) 시뮬레이션을 시작하기 전, 다양한 분자들을 지정된 3차원 공간(상자, 구체, 실린더 등)에 겹치지 않게 배치하여 초기 구조 파일을 만들어주는 무료 소프트웨어 패키지이다. 단백질 주변을 물로 채우거나(Solvation), 여러 종류의 용질과 용매가 섞인 혼합물 및 수용액을 쉽게 생성하고, 구형 Micelle, 지질 이중층(Lipid bilayer) 같은 정돈된 형태의 분자 배열도 구현할 수 있다. 나는 LNP (Inverse Hexagonal) 구조를 MD로 돌려보는 과정에서 packmol 사용법에 관한 공부가 필요해서 찾아보게 되었다. https://www.youtube.com/watch?v=VfYsCpkvLLA 위 영상을 보고 Packm..

Packmol 튜토리얼 영상에서 갑자기 Avogadro를 쓴다고 해서 다운로드를 받기로 했다. 아래 링크에 접속하고 파일을 다운로드 받는다.https://avogadro.cc/install/index.html#install Install — Avogadro 2.0.0 documentationInstall Most users will want to use the current official release: If you have problems using the current release or want to use the latest features, try out one of the “nightly” builds continually created from the current source code, ..