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청관재(淸觀齋)

[LNP] Step6_create_top_hexagon

고지가 얼마 남지 않았다....힘들어도 킵고잉...!!! 이번 Step6_create_top_hexagon.ipynb에서는 Step5 노트북에서 코팅까지 끝낸 LNP 구조(coated_test.pdb)로 GROMACS topology(.top) 파일을 만드는 과정이다.Step4 노트북과 이름이 똑같아서 헷갈릴 수 있지만, 그건 코팅 전 hexagon 용이라면 이번에는 코팅 후 버전의 토폴로지 파일을 만드는 것이다. 간단히 흐름을 요약하면 다음과 같다.먼저, ITP를 불러오고 구조(coated_test.pdb)를 불러온다. 그 다음, residue를 순서대로 돌면서 어떤 분자인지 매칭한다. 같은 분자가 연달아 나오는 구간을 묶어 (분자, 개수) 목록으로 만든다. GROMACS [ molecules ] ..
무한도전!!/MD 시뮬레이션 돌리자!! 2026. 11. 7. 18:54
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