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청관재(淸觀齋)

[LNP] Step7.1_create_top_hexagon

Step 7.1 노트북을 실행한 뒤, 다시 Step 7_Solvate 노트북으로 돌아간다. 이 노트북의 목적은 hexagon_coat_solv.gro 를 읽어서 "어떤 분자가 어떤 순서로 몇 개 있는지"를 GROMACS 용 .top 파일로 적는 것이다. 이를 위해 구조 파일 - MDAnalysis 을 읽는 과정과 분자 정의(.itp) - vermouth 를 읽는 과정이 필요하다. # 라이브러리 불러오기import MDAnalysis as mdaimport numpy as npimport refrom vermouth.forcefield import ForceFieldfrom vermouth.gmx.itp_read import read_itpimport networkx as nxMDAnalysis 는 분자..
무한도전!!/MD 시뮬레이션 돌리자!! 2026. 11. 9. 13:58
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