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청관재(淸觀齋)

[LNP] Step3_hexagon_channels

이제 드디어 Step3에 도달했다.... 또 열심히 달려보자... Step3는 Step2에서 만든 채널 구조(m.gro)를 복제한 뒤, 그 안에서 육각형 배열을 이루는 채널 묶음만 골라내는 단계를 진행한다.이는 크게 세 부분으로 나눌 수 있다. 1. 채널 복제gmx gencof -nbox 4 4 1 로 m.gro 를 x,y 방향으로 4X4 복제해서 4x4x1_channels.pdb를 만든다.물 / 이온 / RNA 비드(W WF ION NA CL BB* SC*) 중에서 지질 꼬리 비드 (CA1 CB1 C3A C3B D3A D3B) 8 Å 이내에 있는 것은 빼고 선택한다. 이렇게 하면 채널 안쪽의 순수한 용매 영역만 남는다.mdvcontainment 으로 포함관계를 분석해서 채널이 64개로 제대로 분리되는..
무한도전!!/MD 시뮬레이션 돌리자!! 2026. 10. 30. 14:17
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