[LNP] Inverse-Hexagonal: Step0_실행 준비하기

정부 과제 참여로 LNP MD 돌려야 하는데 일단 이 논문을 참고해서 예제를 돌려보려고 한다.

공개된 Github에서 파일들을 다운받아서 이 논문에서 수행한 예제들을 직접 따라해 볼 수 있다.

 

https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5c01207

Martini 3 Building Blocks for Lipid Nanoparticle Design

 

https://github.com/Martini-Force-Field-Initiative/M3_Ionizable_Lipids

GitHub - Martini-Force-Field-Initiative/M3_Ionizable_Lipids: Martini 3 Building Blocks for Lipid Nanoparticle Design

 

 

 

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나는 LNP를 MD 돌리는게 목적이니 이 예제만 해볼거다.

(그러나 나중에 다른 예제도 공부해야 할지도 모른다...)

Case_studies > Lipid_Nanoparticle_construction

 

 

이 예제에는 두가지 모델링을 할 수가 있는데 하나는 Bleb 구조를 만드는 것이고 하나는 Inverse_Hexagonal_core를 만드는 것이다. 사실상 후자가 메인이고 Bleb 구조 만드는 것은 서브 예제 느낌이다.

 

파일을 다운로드 받으면 [Building_notebooks] 폴더에 여러 .ipynb 파일들이 있는데 이걸 순서대로 하나씩 따라해보면 직접 LNP 구조를 만들어 볼 수 있다!

Inverse_Hexagonal_core_LNP > Building_notebooks

 

[Building_notebooks] 폴더를 열어보면 순서대로 노트북 파일들이 있는데 Step7.1파일이 있는 것을 볼수가 있다. 

이 파일은 Step7 중간에 수행해야하는 보조 파일이라고 보면 된다.

 

 

이 예제를 수행하기 전에 다운로드 받아야 하는 프로그램들이 있다.

* GROMACS, MDAnalysis, Packmol, TS2CG, freud, mdvwhole, mdvcontainment (legacy)

환경을 따로 만들어서 거기에 패키지들을 다운로드 받는 것을 추천한다.

 

 

* 여기서 주의할 점은 이 예제를 수행하려면 특정 버전을 깔아야 하는 프로그램이 있다는 것이다.

Step1 파일을 열어보면 중간에 이런 주석이 있다.

#This is only applicable for TS2CG1.1

 

TS2CG 프로그램을 설치할 때에는 꼭 TS2CG1.1을 설치하도록 한다.

 

 

필요한 프로그램들을 설치하고 나면 Step1 노트북 파일을 실행할 기본적인 준비가 완료된다.

 

 

 

 

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2026.10.14 - [무한도전!!/MD 시뮬레이션 돌리자!!] - [LNP] Inverse-Hexagonal: Step1_construct_core.ipynb

[LNP] Inverse-Hexagonal: Step1_construct_core.ipynb